Quyết định quy định quy trình giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan bao gồm các bước:

- Tiếp nhận hồ sơ;

- Kiểm tra thực tế hàng hóa bị thiệt hại;

- Xử lý hồ sơ giảm thuế;

- Phát hành Quyết định giảm thuế;

- Hoàn tiền thuế được giảm từ tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan hoặc từ ngân sách nhà nước;

- Lưu trữ hồ sơ, thông tin giảm thuế;

- Báo cáo số liệu giảm thuế.

Cùng với đó, Quyết định 1919 còn ban hành quy trình miễn thuế; hoàn thuế, không thu thuế; xử lý tiền thuế nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Theo đó, đối với Danh mục miễn thuế, Quyết định này cho phép doanh nghiệp được thông báo trực tuyến bằng danh mục điện tử. Hệ thống hải quan điện tử sẽ tự động tiếp nhận và cấp mã số miễn thuế theo từng dự án. Mỗi dự án có thể có nhiều danh mục miễn thuế. Việc sửa đổi, điều chỉnh danh mục miễn thuế (nếu có) cũng được phép thực hiện trực tuyến (Điều 3 - Điều 6).

Tuy nhiên, đối với hồ sơ giảm thuế, sẽ không được tiếp nhận trực tuyến do chứng từ trong hồ sơ giảm thuế bắt buộc phải nộp 3 bản chính và 1 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính (Điều 12). Về hoàn thuế, Quyết định này quy định rõ thời hạn hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước - kiểm tra sau tối đa là 6 ngày làm việc và hồ sơ kiểm tra trước - hoàn thuế sau tối đa là 40 ngày làm việc (Điều 19).

Tuy nhiên, các quy trình trên không áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng; hàng hóa nhập khẩu miễn thuế theo Điều ước quốc tế.