Theo quy định tại Nghị định này, khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu phi thuế quan trừ ưu đãi riêng đối với khu phi thuế quan thuộc KKT cửa khẩu. Doanh nghiệp chế xuất được quy định trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc trong văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền trong trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra, vào, bảo đảm điều kiện cho sự kiểm tra, giám sát, kiểm soát của cơ quan hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan.

Ngoài ra, doanh nghiệp chế xuất được mua vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa Việt Nam để xây dựng công trình, phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp.

Doanh nghiệp chế xuất, người bán hàng cho doanh nghiệp chế xuất được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu và hải quan đối với vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa Việt Nam

Đối với thủ tục hải quan, kiểm tra và giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo pháp luật về hải quan.

Cán bộ, công nhân viên làm việc trong khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất khi mang ngoại hối từ nội địa Việt Nam vào khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất và ngược lại không phải khai báo hải quan.

Nghị định này sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 25/12/2015. Nghị định này bãi bỏ Khoản 9 Điều 1 Nghị định số 164/2013/NĐ-CP ngày 12 tháng 11 năm 2013 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14 tháng 3 năm 2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế.