Theo đó, cơ sở kinh doanh thành lập mới từ dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa đi vào hoạt động, cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư (xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất) trực tiếp hoặc ủy thác thực hiện nhập khẩu máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư mà doanh nghiệp gặp khó khăn khách quan về tài chính: chưa có nguồn tài chính để nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu; đang phải vay ngân hàng thương mại để nhập máy móc, thiết bị đầu tư cho sản xuất kinh doanh; trường hợp không được thông quan hàng hóa sẽ bị thiệt hại lớn do phải đình chỉ, kéo dài thời gian đầu tư thực hiện dự án thì được lựa chọn áp dụng gia hạn nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) khâu nhập khẩu và hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đủ các điều kiện:
Cơ sở kinh doanh đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đầu tư, giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề); có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh;
Có tổng giá trị nhập khẩu máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định từ 100 tỷ đồng trở lên;
Dự án đầu tư sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT.
Thông tư cũng quy định, máy móc, thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư này, bao gồm: máy móc, thiết bị dùng để làm tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh; tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo; tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.
Cơ sở kinh doanh được gia hạn nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu đối với máy móc, thiết bị cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư trong thời gian là 60 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế theo quy định. Việc gia hạn nộp thuế áp dụng kể từ lô hàng hóa nhập khẩu đầu tiên về cảng mà giá trị chưa đến 100 tỷ đồng. Hàng hóa được thông quan ngay khi cơ quan hải quan hoàn thành việc kiểm tra thực tế.
Về xử lý hoàn thuế, Thông tư quy định, trường hợp người nộp thuế đã gửi hồ sơ hoàn thuế nhưng chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế hoàn chỉnh hồ sơ.
Trường hợp hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, chính xác, đúng đối tượng theo quy định, cơ quan thuế có trách nhiệm xem xét, kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế của cơ sở kinh doanh theo đúng quy trình hoàn thuế GTGT.
Trong thời gian tối đa 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế đã đủ điều kiện hoàn và yêu cầu người nộp thuế nộp chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu để cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế trước kiểm tra sau.
Trong vòng 03 (ba) ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra đối chiếu chứng từ nộp thuế với số liệu đã kê khai trong hồ sơ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh và ra quyết định hoàn thuế.Trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế thấp hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế; trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế cao hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đề nghị hoàn ban đầu.
134_2014_TT-BTC_14224843.pdf