Theo đó, xuất phát từ nhu cầu đầu tư, Sở Kế hoạch và Đầu tư lập danh mục dự án kêu gọi đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn của địa phương (có dự kiến các khoản hỗ trợ từ ngân sách trung ương, ngân sách địa phương) trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt và tổ chức hội nghị khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn, hoặc đưa vào chương trình hội nghị xúc tiến đầu tư của địa phương, thời gian tổ chức hội nghị ít nhất 3 năm một lần (Điều 9).

Thông tư cũng quy định Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt danh mục các dự án dự kiến được Nhà nước hỗ trợ đầu tư hàng năm và trung hạn trên cơ sở tổng hợp nhu cầu đầu tư do doanh nghiệp đề xuất. Trước khi phê duyệt, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh báo cáo Bộ Kế hoạch và Đầu tư xem xét cho ý kiến về danh mục các dự án trên.

Nguyên tắc xây dựng danh mục theo thứ tự ưu tiên như sau: Dự án gắn với tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo Quyết định số 899/QĐ-TTg ngày 10 tháng 6 năm 2013 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững; Dự án có xây dựng vùng nguyên liệu, có liên kết sản xuất nguyên liệu với nông dân theo Quyết định số 62/2013/QĐ-TTg ngày 25 tháng 10 năm 2013 của Thủ tướng Chính phủ về Chính sách khuyến khích phát triển hợp tác, liên kết sản xuất gắn với tiêu thụ nông sản, xây dựng cánh đồng lớn; Dự án sử dụng nhiều lao động và có nhiều tác động đến kinh tế xã hội của địa phương.

Trên cơ sở Danh mục nêu trên, địa phương tiến hành lập kế hoạch hỗ trợ đầu tư cho doanh nghiệp( Điều 10) theo các tiêu chí sau: a) Hướng dẫn của các cơ quan cấp trên về xây dựng kế hoạch phát triển kinh tế-xã hội hàng năm và trung hạn; b) Các dự án đã có Quyết định hỗ trợ đầu tư; c) Khả năng hoàn thành của dự án theo tiến độ được phê duyệt. Trình tự lập và giao kế hoạchcũng được quy định cụ thể.

Thông tư kèm theo bốn phụ lục về: (i) Định mức hỗ trợ các dự án đầu tư quy định tại Nghị định số 210/2013/NĐ-CP; (ii) Danh mục dự án đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn; (iii) Bản đề nghị hỗ trợ đầu tư cho doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn; (iv) Quyết định hỗ trợ đầu tư cho doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn.

Cụ thể, đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn, doanh nghiệp sẽ được hỗ trợ theo định mức như: 1 triệu đồng/m2 đường giao thông trong hàng rào dự án; 300.000 đồng/m2 nền bê tông khi san lấp mặt bằng; 1 triệu đồng/m2 khi xây nhà xưởng, nhà kho cao từ5m trở lên; 2 triệu đồng/m2 khi xây bể chứa nước sạch; 3 triệu đồng/người khi đào tạo nguồn nhân lực trong 6 tháng…

Thông tư có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký và bãi bỏ Thông tư số 06/2011/TT-BKHĐT ngày 06/4/2011 hướng dẫn hồ sơ, trình tự, thủ tục cấp Giấy xác nhận hỗ trợ đầu tư bổ sung cho doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn theo Nghị định số 61/2010/NĐ-CP ngày 06/4/2010 của Chính phủ ban hành trước đây.