1. Hạ tầng phần cứng:

- Tốc độ truy cập hệ thống chậm: do hạ tầng phần cứng chưa đảm bảo. Nếu không nâng cấp kịp thời thì có thể ảnh hưởng đến việc vận hành Hệ thống trong thời gian tới (khoảng 1 – 2 năm).

- Hệ thống dùng chung máy chủ của Bộ đặt tại Trung tâm tin học, bị phụ thuộc vào hệ thống dùng chung của Bộ. Hơn nữa, Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư chưa có hệ thống máy chủ dự phòng nên trong trường hợp hệ thống máy chủ của Bộ trục trặc, Hệ thống cũng sẽ ngừng hoạt động

- Vấn đề an toàn thông tin của Hệ thống hiện chưa được chú trọng đúng mức, chưa có chính sách đảm bảo toàn thông tintoàn diện cho hệ thống mà đang sử dụng dùng chung với hệ thống của Bộ. Các trang thiết bị và giải pháp cảnh báo và phòng chống tấn công, bảo mật dữ liệu cấu trúc và phi cấu trúc hiện nay chưa được đầu tư là rủi ro cho an toàn thông tin của hệ thống.

2. Hạ tầng phần mềm:

Nhiều nội dung cần chỉnh sửa, bổ sung chức năng sau thời gian triển khai thực tế để hỗ trợ việc thực hiện nghiệp vụ của các địa phương cũng như việc tổng hợp, báo cáo của Cục. Thêm vào đó, do những quy định mới tại Luật Đầu tư, hệ thống được xây dựng trước đó với các yêu cầu quản lý theo Luật đầu tư cũ chưa đáp ứng được nhu cầu người dùng hiện tại, cụ thể là:

- Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư là hệ thống dùng chung cho đầu tư nước ngoài và đầu tư trong nước (theo quy định tại Luật đầu tư  2014). Tuy nhiên, hệ thống hiện nay mới chỉ đáp ứng cho các dự án đầu tư nước ngoài;

-  Theo quy định của Luật đầu tư sửa đổi các dự án đầu tư theo hình thức góp vốn, mua cổ phần cũng phải thực hiện thủ tục đăng ký góp vốn, mua cổ phần. Do đó việc xây dựng thêm hợp phần góp vốn mua cổ phần cho Hệ thống này cũng là cần thiết;

- Hệ thống gồm có 5 cấu phần : (1) cấu phần quản lý đầu tư nước ngoài vào Việt Nam, (2) cấu phần quản lý đầu tư ra nước ngoài; (3) cấu phần quản lý xúc tiến đầu tư; (4) cấu phần trang thông tin quốc gia về đâu tư nước ngoài và (5) cấu phần báo cáo. Cho đến nay, mới chỉ cấu phần quản lý đầu tư nước ngoài vào Việt Nam mới cơ bản được xây dựng; các cấu phần khác chưa được xây dựng;

- Hệ thống chưa cho phép các đầu mối cấp phép đầu tư là Ngân hàng nhà nước, Bộ Công thương, Bộ Tài chính, Bộ tư pháp xử lý quá trình cấp và điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư thông qua hệ thống;

-Chức năng cấp GCNĐT online chưa hoàn thiện.

- Quy trình nghiệp vụ cấp và sửa đổi GCNĐT được xây dựng trong hệ thống theo luật cũ khác xa với những quy định tại Luật mới cần phải sửa đổi.

- Việc xây dựng cổng trao đổi thông tin với các đơn vị liên quan như Ngân hàng nhà nước, Tổng Cục Hải Quan, Tổng Cục Thuế, Cục Đăng ký kinh doanh vẫn chưa được thực hiện

- Cơ sở dữ liệu về các dự án cũ đang trong quá trình rà soát, hoàn thiện: các địa phương, doanh nghiệp đã rà soát dữ liệu nhưng chưa hoàn thành, các dữ liệu về tình hình thực hiện dự án chưa có;

- Kho dữ liệu phi cấu trúc về GCNĐT chưa được tổ chức lưu trữ khoa học và chưa sẵn sàng chia sẻ dữ liệu này cho các hệ thống, đơn vị khác;

- Hệ thống báo cáo còn chưa hoàn thiện, nhiều lỗi và nhiều chức năng còn chưa được xây dựng. Các biểu mẫu báo cáo theo quy định tại Luật mới cũng cần phải được chỉnh sửa cập nhật. Hệ thống mới chỉ cho phép xuất các báo cáo tổng hợp dạng đơn giản, chưa có các công cụ để phân tích, đánh giá dữ liệu một cách bài bản. Hệ thống cũng chưa xây dựng được các chức năng hỗ trợ các doanh nghiệp cũng như các nhà đầu tư trong việc tìm kiếm và phân tích thông tin phục vụ cho việc tìm kiếm cơ hội đầu tư và hoạt động kinh doanh.

- Hệ thống chưa có sự đảm bảo về an toàn thông tin đối với dữ liệu về đầu tư, cụ thể là sự toàn vẹn dữ liệu đối với các dữ liệu có cấu trúc cũng như các dữ liệu phi cấu trúc trong hệ thống.