Ba mục tiêu lớn trong quy hoạch Vùng Thủ đô Hà Nội lần này gồm: (i) Đáp ứng các yêu cầu phát triển, công tác quản lý quy hoạch và đầu tư xây dựng Vùng có sự phân công, hợp tác, chia sẻ và liên kết giữa các địa phương trong Vùng; (ii) Đáp ứng nhu cầu xây dựng đồng bộ và hiện đại hệ thống mạng lưới hạ tầng kỹ thuật và xã hội của Vùng và (iii) Làm cơ sở cho lập và điều chỉnh các quy hoạch xây dựng vùng tỉnh và các quy hoạch khác. Để các mục tiêu đặt ra ở trên thành hiện thực, việc thúc đẩy liên kết phát triển các địa phương trong Vùng Thủ đô Hà Nội theo hướng hiệu quả, bền vững là yêu cầu mang tính tiên quyết. Tuy nhiên, thực tế các liên kết phát triển trong Vùng hiện còn khá khiêm tốn, nhiều hoạt động còn mang tính hình thức và thiếu hiệu quả. 

Thứ nhất, tuy đã có những hoạt động mang tính chủ động nhưng nhìn chung sự liên kết, phối hợp giữa các tỉnh trong vùng vẫn mang tính tự phát. Nhiều hoạt động chỉ dừng lại ở mức độ cam kết thỏa thuận giữa lãnh đạo các địa phương, thậm chí một số hoạt động phối hợp không có ký kết cam kết, vì thế thiếu căn cứ pháp lý, nội dung cụ thể cũng như phương thức phối hợp liên kết.

Với một số địa phương trong Vùng, nếu không phải vì sự giáp ranh về địa lý thì gần như Hà Nội chưa từng thực hiện liên kết nào mang tính chủ động1. Ngoài các chương trình đầu tư cơ sở hạ tầng với sự chủ trì của các bộ: Giao thông vận tải, Xây dựng, còn lại phần lớn các hoạt động liên kết mang tính cục bộ, không bảo đảm tính đồng bộ hay thống nhất toàn vùng, vì thế chưa phát huy được lợi thế so sánh của toàn Vùng hoặc từng địa phương trong Vùng.

Thứ hai, phạm vi liên kết giữa các địa phương trong Vùng tuy đã có sự mở rộng nhưng vẫn hạn hẹp và đơn điệu. Các liên kết về kinh tế chưa dựa trên sự chuyên môn hóa hay phân công lao động mà chủ yếu là liên kết giữa các doanh nghiệp, các địa phương giáp ranh thực hiện việc cùng đầu tư, sản xuất, tiêu thụ sản phẩm, di dời địa điểm, đầu tư đổi mới công nghệ... với các nội dung nhỏ, sự vụ, không có tính lâu dài. Về kinh tế, thậm chí giữa các địa phương khác nhau trong Vùng còn có nhiều hiện tượng cạnh tranh không lành mạnh với nhau trong thu hút vốn đầu tư, phát triển cơ sở hạ tầng.

Thứ ba, các liên kết thuộc các lĩnh vực đều diễn ra chậm chạp, thiếu hiệu quả, cụ thể: Một số chương trình hợp tác đã được ký kết nhưng việc triển khai thực hiện rất chậm hoặc không thể thực hiện được, như: việc hỗ trợ các tỉnh trong đào tạo đội ngũ công nhân có trình độ chuyên môn giỏi làm việc trong các ngành công nghiệp kỹ thuật cao. Hạ tầng giao thông kết nối giữa Hà Nội và các tỉnh trong vùng chưa được thực hiện đồng bộ, nhất là tại địa bàn những nơi giáp ranh. Trong bảo vệ môi trường, tuy có sự phối hợp về việc kiểm soát những cơ sở sản xuất công nghiệp gây ô nhiễm nặng nhưng cho đến nay, ô nhiễm môi trường nhất là ô nhiễm nguồn nước do chất thải công nghiệp và đô thị đang có xu hướng ngày càng tăng2.

Thứ tư, liên kết trong sử dụng hệ thống cơ sở hạ tầng kỹ thuật, dịch vụ logicstics hay tiện ích công giữa các địa phương trong vùng còn kém hiệu quả do thiếu quy hoạch trên phạm vi toàn vùng về phát triển hệ thống cơ sở hạ tầng, hệ thống tiện ích công, dịch vụ logicstics và đặc biệt là các ngành công nghiệp hỗ trợ…