Những quy định của dự thảo Nghị định được thiết kế trên cơ sở kết cấu hiện tại của Nghị định 108/2006/NĐ-CP với những nội dung sửa đổi, bổ sung chủ yếu sau đây:

1. Nhóm các quy định chung:

Để tạo cơ sở pháp lý cho việc áp dụng các điều kiện đầu tư và lựa chọn hình thức đầu tư, dự thảo Nghị định đã sửa đổi, bổ sung các quy định sau:  

- Bổ sung quy định nhằm làm rõ khái niệm, hình thức áp dụng, cơ quan ban hành các điều kiện đầu tư, trong đó có nguyên tắc áp dụng điều kiện đầu tư theo cam kết của Việt Nam với WTO và nguyên tắc áp dụng điều kiện đầu tư đối với người Việt Nam định cư ở nước ngoài (các Điều 3, 4 và 5).

- Sửa đổi, bổ sung một số quy định nhằm khẳng định quyền của các doanh nghiệp liên doanh, doanh nghiệp 100% vốn đầu tư nước ngoài và các Bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh trong việc hợp tác với tổ chức, cá nhân Việt Nam hoặc nước ngoài để thành lập tổ chức kinh tế mới (các Điều 10, 11 và 12).

Ngoài ra, Nghị định đã bổ sung quy định về lệ phí cấp, điều chỉnh Giấy chứng nhân đầu tư để áp dụng tương tự như quy định về lệ cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (Điều 6).

2. Nhóm quy định về thủ tục đầu tư, kinh doanh:

Để giải quyết những khó khăn, vướng mắc trong việc thực hiện thủ tục đầu tư, kinh doanh, dự thảo Nghị định đã được thiết kế theo hướng sau:

- Tách nội dung đăng ký kinh doanh ra khỏi Giấy chứng nhận đầu tư cấp cho nhà đầu tư trong nước và trong chừng mực có thể, áp dụng tương tự đối với nhà đầu tư nước ngoài được cấp Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (các Điều 9).

- Quy định rõ điều kiện, thủ tục góp vốn, mua cổ phần của nhà đầu tư nước ngoài trong các doanh nghiệp Việt Nam theo hướng áp dụng yêu cầu thẩm tra điều kiện đầu tư và cấp Giấy chứng nhận đầu tư cho doanh nghiệp, đồng thời thiết kế lại các quy định về chuyển nhượng vốn và chuyển nhượng dự án đầu tư (các Điều 13, 62 và 67). 

- Sửa đổi, bổ sung một số quy định liên quan đến thủ tục đăng ký, thẩm tra cấp Giấy chứng nhận đầu tư (gồm các quy định từ các Điều từ 45 đến 52 về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký, thẩm tra cấp Giấy chứng nhận đầư tư); thủ tục chấm dứt dự án, tạm ngừng, giãn tiến độ thực hiện dự án, rút Giấy chứng nhận đầu tư (các Điều 69, 70); thủ tục thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh trong Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (Điều 56); thủ tục thay đổi trụ sở và địa điểm thực hiện dự án đầu tư (các Điều 57); thủ tục thành lập, giải thể văn phòng điều hành của Bên hợp doanh nước ngoài (Điều 61);; thủ tục thanh lý dự án đầu tư và giải thể doanh nghiệp, trong đó phân định rõ thanh lý dự án và thanh lý, giải thể doanh nghiệp, giải quyết việc thanh lý dự án/doanh nghiệp trong trường hợp nhà đầu tư không có mặt tại Việt Nam (Điều 71)

3. Nhóm các quy định về phân cấp và quản lý hoạt động của dự án đầu tư:

Nhằm khắc phục những hạn chế của chế độ phân cấp hiện hành, góp phần nâng cao hiệu quả, chất lượng của dự án đầu tư và công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động đầu tư, dự thảo Nghị định tiếp tục duy trì quy định về phân cấp cấp Giấy chứng nhận đầu tư và quản lý hoạt động đầu tư nhưng hoàn thiện các quy định về vấn đề này theo hướng:

- Sửa đổi, bổ sung Danh mục lĩnh vực và địa bàn ưu đãi đầu tư nhằm tập trung thu hút các dự án đầu tư phù hợp với quy hoạch phát triển kinh tế, xã hội và quy hoạch phát triển ngành (VD: các dự án xây dựng trung tâm công nghệ thông tin, phát triển các ngành công nghiệp hỗ trợ, sản xuất thiết bị bảo vệ môi trường, xử lý chất thải, vật liệu mới, công nghệ sinh học và một số dự án phục vụ an sinh xã hội….). Ngoài ra, theo Quyết định 1617/CT-TTg ngày 19/9/2011 về tăng cường thực hiện và chấn chỉnh công tác quản lý đầu tư nước ngoài trong thời gian tới, Thủ tướng Chính phủ đã giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, địa phương  liên quan xây dựng Đề án định hướng nâng cao hiệu qủa thu hút, sử dụng và quản lý đầu tư nước ngoài giai đoạn 2011-2020, trong đó có việc đề xuất xây dựng một Danh mục lĩnh vực và địa bàn ưu đãi đầu tư chung (hiện đang được quy định rải rác trong một số văn bản khác nhau) để làm cơ sở áp dụng các ưu đãi về thuế, tín dụng đầu tư phát triển, sử dụng đất và các ưu đãi khác...

- Bổ sung các dự án quan trọng phải được Thủ tướng Chính phủ xem xét, chấp thuận chủ trương trước khi cấp Giấy chứng nhận đầu tư, đồng thời quy định rõ trình tự, thủ tục thẩm tra các dự án này (VD: các dự án sử dụng nhiều đất, các dự án trồng rừng có vốn đầu tư nước ngoài hoặc thực hiện tại địa bàn quan trọng về an ninh, quốc phòng; các dự án mà pháp luật chuyên ngành quy định phải trình Thủ tướng Chính phủ…).

- Bổ sung quy định về thẩm tra sự phù hợp của dự án với quy hoạch phát triển ngành; Bộ quản lý ngành chịu trách nhiệm thẩm tra vấn đề này. Cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư có thẩm tra các nội dung khác tùy thuộc mục tiêu, tính chất của dự án.

- Bổ sung quy định về nội dung Giấy chứng nhận đầu tư theo hướng xác định rõ trách nhiệm của nhà đầu tư về tiến độ thực hiện dự án đầu tư (tiến độ góp vốn, huy động vốn, tiến độ xây dựng). Trên cơ sở thỏa thuận với nhà đầu tư, Cơ quan cấp giấy chứng nhận đầu tư có thể quy định một số nội dung khác không trái với quy định của Nghị định này và pháp luật có liên quan.

- Bổ sung một số điều khoản mới nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu qủa thực hiện cơ chế phối hợp giữa các cơ quan Trung ương và địa phương trong hoạt động quản lý nhà nước về đầu tư (gồm toàn bộ quá trình từ việc xây dựng luật pháp, chính sách đến việc thẩm tra cấp Giấy chứng nhận đầu tư và quản lý hoạt động của dự án đầu tư). Mặt khác, dự thảo Nghị định đã sửa đổi một số quy định nhằm củng cố, tăng cường cơ chế thực hiện chế độ báo cáo, thống kê và quản lý nhà nước đối với hoạt động xúc tiến đầu tư…

- Bổ sung cơ chế để Thủ tướng Chính phủ hoặc Cơ quan quản lý nhà nước về đầu tư có thể đình chỉ hoặc tạm dừng cấp Giấy chứng nhận đầu tư trong một số trường hợp cần thiết (VD: cấp Giấy chứng nhận đầu tư không phù hợp với quy hoạch, cấp sai quy định hoặc không đúng quy trình, thủ tục…).

- Bổ sung quy định mới để tạo cơ sở pháp lý cho các địa phương, trong trường hợp cần thiết, có thể yêu cầu nhà đầu tư cam kết bảo đảm thực hiện dự án dưới các hình thức được pháp luật quy định (như đặt cọc, ký qũy…) nhằm đảm bảo để dự án được triển khai theo đúng điều kiện, tiến độ quy định tại Giấy chứng nhận đầu tư.